Просто "повезло". Кто-то решил взять на себя ответственность и снял лиц с регистрации. Такое практически невозможно, но в данном случае не разобрались.
По общему правилу признание несовершеннолетних такими, что утратили право пользования жилым помещением возможно только через суд. И не путайте в исках "выселить" и "признать утратившим право пользования". Выселение будут рассматривать долго и нужно, нежилая выносить решение.
Если ребенок действительно не проживает, а только прописан в квартире - лучше дать фото/видео суду и просить только о признании потери права проживания.